发展科学的终极目的，是为使人类自身获得解放、自由和幸福，因而对人类自身的研究是科学的中心议题。文化蒙昧的古代是如此；科学昌明的今天，在科学对自然领域中的物理、化学、生命运动取得了一定成绩后 ( 虽然对生命本质尚知之甚微 ) ，对人的研究显得更加重要了。目前，对人的研究，有从社会的角度研究人在社会领域的种种活动规律，建立了社会学、伦理学、政治学、法学、人才学、管理学、军事学、文学等；有从自然科学角度研究人，建立了人体生理学、医学、生物物理学、生物化学、脑科学等。
气功科学是 20 世纪 80 年代崛起的一门以人为研究对象的独特的学科，它不同于社会科学仅研究人的社会属性、规律，也不同于自然科学仅研究人的自然属性、规律 ( 包括微细结构与功能 ) 。它研究的是形、气、神三位一体的人，是人与大自然、社会统一的人的整体的生命运动规律，它的方法学、方法论、方法论基础等都迥异于现在已有的各门科学。其特征如下：
一、它具有独特的、不同于现代科学的方法论和认识论基础的理论体系。
以智能气功科学为例，这个理论体系包括：基础理论，如混元整体理论、混元气理论；专业理论，其中有总论和各论之别，如《智能气功科学概论》，《智能气功科学精义》，《智能气功科学功法学》等；应用技术理论，如超常智能理论，气功诊断与治疗的理论和方法，各学科的应用理论等等。近年来数以百万计的人们的实践，证明这些理论是可靠、合理的，因而是正确的。而且随着人们实践经验的积累，整个的理论体系正在不断地扩展其深度和广度。
二、具有独特的研究方法－内求法。
利用练气功获得的超常智能来研究人体生命运动与自然规律，它迥异于现代所有的科学研究方法。而且，积古今的气功实践经验，已形成了一套完整的方法学体系 ( 气功学 ) 。这是气功科学的固有特征，也是整个气功科学的核心所在。没有这套独特的方法学体系，就没有气功科学。
三、有特定的研究对象与范围。
它的研究对象是人体自身的生命活动和大自然的各个领域。
( 一 ) 研究人体生命活动。不仅研究人体生命的不向功能态－病态、常态 ( 清醒、睡眠态、移行相态 ) 、超常态 ( 气功态、特异功能态 ) 的特征，更重要的是研究各功能态之间转化的规律，如：有形的生命运动、无形的气的运动、意识本身的运动以及和人体生命相关的自然规律等等。
( 二 ) 研究超常智能在各个领域的应用，从而建立起气功科学的各分科理论，如把气功应用于医疗建立气功医学，应用于音乐建立气功音乐学，以至于气功美术学、气功体育学、气功教育学、气功物理学、气功化学、气功天文学、气功地理学、气功农艺学、气功生物学、气功工程学等等。
四、有特定的研究目的。
气功科学研究的目的，简言之就是通过气功科学的研究，认识掌握人体生命活动规律及其与大自然的关系，使之为自身健康服务。祛病延年、健康身心是气功科学初级阶段的目的；增强、更新生命活动、发掘人体潜能、逐步实现人类从生命必然王国到自由王国的飞跃是其高级阶段的目的。实际上气功科学的研究 ( 尤其是在各个领域里的应用研究 ) 是从开发潜能后开始的。在此之前的防治疾病、健康身心过程，乃其预备阶段 ( 现在开展的气功多属这一阶段 ) 。这些均表明，气功科学具备了构成独立科学的一切条件。
综观上述可知，气功科学是关于开发、运用超常智能并进而以之为人类自身服务的一门科学。我们不妨在此基础上对气功科学的内涵做如下具体规范：气功科学是以整体观为理论基础，以练气功获得的超常智能 ( 包括用先天特异功能 ) 为手段，揭示作为人和社会、自然统一的整体的人的生命运动规律，进而运用这些规律为人本身服务，完成生命从必然王国向自由王国飞跃的科学。
这里需要指出的是，气功、气功学、气功科学三者之间有着密切联系，但各自的内涵是不同的。
模拟于现代科学的知识结构，气功科学的知识结构也可以分为三部分：基础部分、技术部分与应用部分。
一、基础部分：
气功实践是气功科学的核心，因此气功的方法论、认识论基础和有关气功的功理、功法等都属于基础部分，包括气功史学、基础气功学、气功功法学等等。而基础的基础则是人天整体观，具体到智能气功科学则是混元整体观。现代科学中的生物学、解剖学、心理学则属于一般基础科学的内容。
二、技术部分：
主要是关于掌握和运用超常智能的技术，包括接受信息 ( 如遥感、遥视、透视、显微视等超感觉、超心理技术 ) 的技术与因目标而异的发放信息、能量 ( 如发放外气、遥控、意念致动等 ) 的技术，以及超常思维的技术等。
超常智能与常态智能都是人类固有的机能，人出生后就已具备了，不过超常智能未能像常态智能那样在出生后的实践过程中得到强化而成为现实，因而在常人那里已萎废而潜藏起来了。气功学里有着丰富而详尽的关于开发、应用 ( 学会使用 ) 超常智能的方法与理论，这一切都属于气功科学的技术部分。
三、应用部分：
气功科学既可应用于诊疗疾病，健康心身，开发智能 ( 教育 ) ，也可以应用于现有的自然科学的各个领域，如物理学、化学、生物学、天文学、数学等等，还可以应用于工农业生产、体育、艺术等文化领域和社会科学领域。气功科学的知识结构，可简单归纳如下表：
总之，气功科学是气功与科学相结合后应运而生的时代的骄子。因之，它必将产生、占有一个新的科学时代。
目前，在我国气功界和有关科学界内，气功、气功学、气功科学、人体生命科学以及气功现代科学研究等名称同时并存甚至互为代用，因而对每一概念的内涵及其与气功科学的关系予以全面阐述是必要的。
一、对气功现象的现代科学研究与气功科学研究
所谓气功科学研究，是指以气功的实践 ( 内求法 ) 为手段对气功的功理、功法以及对各个应用领域 ( 如气功医疗、气功促进工农业生产等 ) 所进行的研究而言。它属于气功科学的内容。而对气功现象的现代科学研究，则是指利用现代科学技术手段对气功现象或气功师的各项功能的研究。目前人们通常所做的气功的现代科学研究，是把气功效应当作一种生命现象，用现代科学的方法进行多学科综合研究，目的在于确认现象，揭示人的生命运动的本质，探索种种气功现象在现代科学中的机理，建立关于气功现象在现代科学中的理论体系，最终把生命现象纳入现代科学的轨道，成为现代科学的一个分支。显然，这属于生命科学，是现代科学的一个子领域，因而它必然遵循现代科学的规范。综观十多年来用现代科学技术手段对气功师进行的实验研究，确实取得了令人瞠目结舌的常人所没有的数据，也证实了气的客观实在性 ( 虽然尚不知其是何物 ) ，但这不属于气功科学的范畴，因为它不是用气功的方法为手段来研究人体生命运动的。不仅如此，它与气功科学的根本区别还在于：现代科学所关心的是这些生命功能在现代科学中的属性是什么，而气功科学所关心的是如何产生这些功能、如何使生命活动从一个层次上升到另一个层次。
诚然，用气功科学的超常智能为手段研究人体生命活动、施作用于客观事物 ( 包括微观的与宏观的 ) 时，往往需要借助现代科学技术手段 ( 尤其需要各种仪器 ) 来检测试验成果，似乎与站在现代科学立场上检测、证实气功超常智能是否存在是一回事，其实是有着巨大差异的。气功科学的超常智能是全方位的，它应该而且能够在不同层次发挥作用，只是由于气功科学还处在刚刚兴建阶段，其中很多规律尚未被气功师充分掌握与熟练运用。反复实验的过程是为了发现、掌握、运用超常智能的规律。而现代科学研究神奇的气功现象，则是为了探明气功在什么层次上起了作用，起了什么作用，并进而探讨为何能起作用 ( 这最后一点，现在还远未涉及 ) 。试以气功外气杀菌与加速其生长的实验说明之。站在气功科学立场来做这一实验，目的是要通过反复实验，来掌握发放外气时的运用意识的规律，调动外气的规律。在这一实验中，气功师的意识与外气的运用，都有质地与量度的规律，有意识转化外气性能的规律，这一切不通过实验的反复印证是难以熟练地掌握与运用的。总之气功科学要涉及各个领域，如何用超常智能变革各领域的现实，只有通过反复实验，才能建立起气功科学各学科的气功理论来。
我们相信，气功科学研究与现代科学研究气功这两者在人类文化发展的长河中，必然会互相渗透，彼此融合，直至合为一体，那将是人类文化的新纪元。
二、气功科学和人体生命科学
人体生命科学和气功科学，都以人的生命运动的规律为研究对象，在这个意义上，气功科学似乎和属于现代科学领域的解剖学、生理学、细胞学、胚胎学、生物物理学、生物化学、分子生物学、脑科学、心理学等等一样，同属于一个母系统。其实是有区别的，区别在于它们所用的方法与手段不同。生物物理用的是物理学方法，生物化学用的是化学方法，人体解剖学用的是肌体解剖的方法，而气功科学用的则是实践超常智能的方法。
但是，现代科学是有其特定的规范的，是有其特定的方法论基础的。对于生物物理学、生物化学、人体解剖学等等学科来说，在研究人体生命运动时，它们的差别主要是方法学上的差异，而它们的方法论基础则是共同的，因而都属于现代科学范畴。因此，它们都是现代科学范畴里的人体生命科学的分支领域。但是，气功科学与此不同，它所应用的特殊的方法－气功的内求法，有其特有的方法论、认识论基础，这个基础与现代科学的方法论、认识论原则截然不同，因而是现代科学的规范所不能容纳的。所以气功科学不属于现代科学的范畴，是独立于现代科学之外的一个新领域。从这个意义上讲，气功科学不同于属于现代科学范畴的人体生命科学，二者不存在隶属关系。所以确切地说，气功科学和人体生命科学是立足于人类不同的文化基础 ( 科学是文化一部分 ) ，从不同的层次，用根本不同的方法去研究同一个问题－人体生命运动的两门独立的科学，它们是独立的，且在方法论、认识论上是对立而又互补的。
另外，人体生命科学用现代科学的各种技术手段与理论框架来研究人体与生命运动，因而它必然是涉及多学科的综合科学，换言之，它是多学科的集合点。气功科学是用人的超常智能为手段来研究、认识、改造客观事物 ( 包括人自身 ) ，因而它的广泛应用的触角必然伸到现代科学的各个领域。 www.zn315.com 智能气功
三、气功和气功科学
气功科学的独特之处在于它的独特的认识世界的方法－超常智能的气功实践。因此，毫无疑问，气功是气功科学的核心。但是有气功不等于有了超常功能，即使有了超常功能不以之进行研究与应用，仍然不是气功科学，因而气功仅仅是气功科学的一部分。而且，气功科学的崛起，是有当今时代的文化背景的，有了气功，没有一定的文化背景也不会形成气功科学 ( 关于这一点，在第五节里将作进一步论述 ) 。事实上相当一段历史时间里，气功成了宗教神学的奴仆。所以，在某种意义上可以这样说，没有现代科学的背景，没有现代文明的物质基础，即使有气功，也不会有气功科学。气功自身是不可能自发演变而成为气功科学的。
另一方面，气功科学的建立和发展，也对气功提出了新的要求。首先，气功作为认识世界的基本方法，靠的是人们通过气功实践而获得的超常智能，而这种能力的获得，是人们的气功造诣达到一定程度以后的事，而且和所练功法有密切关系。所以，气功作为气功科学的基本方法，人们对它的要求比一般的气功锻炼高得多，侧重点也有所不同。一般的气功锻炼大多以祛病强身、健美身心为目标，超常功能的出现仅仅是一种自然的现象，是人的生命运动达于某种优化状态以后的一种自在的功能。而在气功科学里，因气功实践而获得的超常智能 ( 超感觉能力等 ) 是人们认识世界的工具，“工欲善其事，必先利其器”。这种超感觉能力之于气功科学，其重要性就像现代科学仪器之于现代科学一样，是实验成败关键之所在。所以，就气功科学而言，人们的气功实践是一种特殊的学习过程，其目的是要使得人们把某些高级的生命功能状态下所具有的自在的超常功能，通过一定的方法，经过持恒的学习，变为人们的自觉的超常智能。这种特殊的学习，就是气功实践。
按照传统的气功理论，对于因练气功而获得的超常智能，应该“慧而不用”。因为，这些超常的智能是人们的“精气之极”，是“道之华”。这些功能的使用，颇耗人之神气，有碍于功夫的增长，有害于自身的生命运动。但对于气功科学来说，就是要自觉地运用这种超常智能去研究人的生命运动的规律，以及人与大自然的内在联系。故对于这类超常智能来说，气功科学的原则是：“学以致用”。这样，气功科学就给气功本身提出了一个新课题，即能否找到一些途径，使通过气功而获得的超常智能能够适当地、合理地使用，不仅不妨碍人自身的生命运动，反而能促使人的生命运动向更高级的功能态跃迁。智能气功的实践证明，这是可能的。而这一问题的解决，又将大大推动气功本身的发展。