混元整体理论运用于医疗，不仅和中医治病、西医治病有别，而且和很多气功门派所进行的气功医疗也不相同。混元医学在治病时，不是着眼于病的状况，而是着眼于人混元气的运动，使失去正常运动的混元气恢复正常。说得简单、通俗些，就是不搞辨证论治或辨病论治。这是“执一驭万”的简便易行而高效果的治病方法，我们这种提法似乎有悖常理，其实，在传统气功中是有类似论述的，如《云笈七签 ‧ 服气疗病》中说：

“偶有疲倦不安，便导引闭气以攻其患，必存其头面、九窍、五脏四肢至于发端，皆气所在，觉其气行体中，起于鼻，下达十指末，则澄和其神，不须针药灸刺。凡行气欲除百病，随病所在做念，头痛念头，足痛念足，和气往攻之，从时至时，便自消矣。时气中冷，可用闭气以取汗，汗出周身则愈矣。”

这就是说，服气治病 ( 传统气功治病的一种方式 ) 是不需要辨证施治的。只要能够用意念把气引到病所，使气通畅无阻，则病就会自然痊愈。另外，混元医学治病，强调治神，一方面用语言稳定其精神，使之了解混元医学的威力，树立治疗疾病的信心，对此我们称做“话疗”。这不仅是治疗“心病”的重要方法，而且也是治疗身病的重要内容。另一方面，练功与调气时，注意精神的调整。若能使病人的神得到调整，往往收到事半功倍之效，若不调神，有的病则不易治。对此《涵三语录》中也有类似论述：

“身病可药，心病难医，外魔可降，内魔难制……我悲众生，为作医王，疗其心病，服其内魔。心病既除，内魔克净，外魔焉侵 ? 若不攻心，病入膏肓，魔炽于内，外魔孔彰。”    

调神所以有如此重大作用，关键在于神对气的统帅作用。《太上导引养生经》中说：

“夫气者主于心，心邪则气邪，心正则气正。气所举手动足，喜怒哀乐，莫不由心，心之动念，莫不是气。气感意，意从心，如此气全则身全，气绝则神灭，神灭则身死。”     

这一切都充分说明，传统气功治病也是非常强调精神的。

混元医学认为任何疾病都是可以治愈的，因为病虽有形气意神的不同，但都是不同层次的混元气的异常变化的结果。既然正常的混元气可以和外界混元气混化发生变异以成病，那就一定可以在病的基础上，再一次和外界混元气混化发生变异而走向正常。就是说，任何疾病都应该而且可以是可逆的。对此，传统气功著述，《太清养生下篇》中也有类似记叙：

“经曰，人之身 12 大节， 360 小骨，孔孔相对，脉脉相通，新气与故气交错其间，新气或顿阻、或循行，故气或流通、或壅滞、或俱塞、或并驰盖壅滞者，阳气之聚而为块瘕者也；顿阻者，阴气之积而为肿疡者也。气既能蓄积，则亦有分散之理。凡患之所在，可用导引以散之，和气以攻之，时意以送之，清气以润之，咽津以补之。”

这段引文，不仅阐明了疾病可以治愈的观点，而且例举了治病方法。这里所述的治病方法似乎繁杂，究其要，不外意念、气与导引而已；这与智能气功的主张是很相近的。     

混元医学治病，虽然有练功治病与外气治病两途，但都是从混元气出发的，都是强调以神意统帅混元气来战胜疾病的，其治病面之广、疗效之快，使人不可思议。这已被数以百万计的人们的实践所证明，这里无需烦述。对于混元气的威力，尤其是灵通混元气的威力，在《人的混元气》的有关章节中，已做了详尽阐述，这里不复赘。为了让智能气功功友进一步了解混元一气的威力，下面谨摘引五原混一老人《炁经》中的一段论述：

“吾知渺微如来之法，及混元先天一气，无在而非光照之区。是光非凡光，非人光，非神光，非佛光，非所见光，非宇宙光，非六合之光，乃玄妙之理。然此不能磨灭一切大无畏之光。其光也，乃有所见、乃无所见；乃有所照，是乃奉不可照见，乃能有所照见，心灯之光……是《谓先天混元一炁心光。”

这段引文阐述了混元气是先天的心光 ( 即意元体呈现出的功能 ) ，能进入一切领域，所谓“无在而非先照之区”。

诚然，混元医学也并不能把所有的病都治好，因为病愈与否，与病人的精神状态有着密切关系，如果病人的精神状态不能得到改善，轻病 ( 指未累及意识者 ) 固然可以在强大的气场作用下而霍然痊愈，众多有粉瘤脂肪瘤的人，经组场肿瘤当即消失就是明证。但是重病人，尤其是精神上对病的负担较重而无治疗信心的人，是难以收到良好效果的。因为病人的这种心态就可以引发疾病。《性命圭旨》中说：“心病则身病，心不病则身不病，故身病由于心病。”至于哪些病能治，哪些病不能治，只有通过实践经过总结，才能见分晓。未经治疗之前，是难以断定其结果的。有人说，气功治病，只能治那些中西医治疗效果不好的病，我们认为，这种观点不仅没有任何根据，而且也不符合逻辑思辨，试一思索就知其非了。既然中西医治不好的病 ( 相对来说，这些病是难度较大病 ) 气功都能治好，为什么中西医能治疗的病对气功医学来说，反而不能施其神威呢 ? 征其实际，常见病、多发病施以气功治疗，收效往往也是非常显著的。 www.zn315.com 智能诚信网

以上所谈的主要是针对医治疾病而言，这些内容属于狭义的混元医学。若从广义的混元医学来说，智能气功的全部练功效果，无一不是医治人的身心的偏颇。练功初级阶段的提高人的身心健康水平固然为此，高层次的克除我执、改变参照系的内容，同样也属于治疗心病的内容，而这是智能气功科学的根本任务。这是中西医学所不能解决的问题。《养真集》曾明确指出：“名医治人身病，三教圣人治人心病。”这里所说的心病，不是简单的情志性病，而是影响“超凡入圣达真”的那些心态。在气功科学里，可调控意念属律动的正念，起聚集能量的作用，因而呈现出健康的精神状态。非调控意念则是乱动的杂念，起消耗能量的作用，因而呈现出病态的精神。练气功则是远离这种病态而进入健康态，使人能够逐步达到自己生命活动的自由境地。

混元医学治疗疾病，强调群体的组场效应，无论外气治病还是练功治病，都强调组场。至于如何运用外气与组场治病，则属于“智能气功科学诊疗学”的内容了。