方法论是指导人们如何认识世界的一般原则，它和人们对世界本质的认识 ( 宇宙观 ) 有密切关系。一般说来，宇宙观和方法论总是相互适应、相互耦合的。一定的方法论，将导致相应的宇宙观；而一定的宇宙观，也要求与之相应的方法论。在某种意义上讲，二者是一而二，又二而一的。混元整体观是本体论、方法论、认识论的统一，是智能气功科学赖以建立的基础－也可为气功科学提供借鉴。混元整体论包括混元论、整体论、意识论、道德论、人的混元气等内容，这里仅简单介绍前两部分。
对大千世界本源的执着的探究，似乎是人类的一种共同追求，中外古今，无不如此。古希腊哲学家德谟克利特认为世间一切物质都是由一些不可分割的粒子－原子所构成的，这就是著名的原子论。不同于此，中国的先哲们把宇宙的根本，归结为某种无形的连续的整体性的存在，对这种最根本的存在，老子称之谓“道”，他说：
“有物混成，先天地生，寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母，吾不知其名，字之曰道”。“道生一、一生二、二生三、三生万物。” ( 《道德经》 )
有的则称之谓“气”，如《西升经》谓：“混元之气，自无而生有，有曰太极。”张载说：“太虚无形，气之本体，其聚其散，变化之客形尔。” ( 《正蒙 ‧ 干称》 ) 有的则归结为阴阳。《黄帝内经 ‧ 素问 ‧ 阴阳应象大论》中说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”以上各家的观点表面看来似乎各主一说，其实若仔细分析之，三者本无轩轾。《云笈七签 ‧ 元气论》中就明确指出：“道即元气也。”又说：“元气一性，阴阳二体。”如此看来，道、元气、阴阳可以统统归之为一个“气”，这个气不是空气、气体的气，而是一种特殊的精微物质，这就是古典气功学中的“万物本原一气”的理论。该理论认为有形有象的万物是由无形无象的气化生的，即“有生于无”，称有形有象之物为“器”；有形有象之“器”又可转化为“无” ( 古人所说的无不是什么也没有，而是相对于有形象之物的无，实即指气 ) 。这一“有无相生”的规律反复环转，就形成了宇宙万物的演化。智能气功科学在继承前人成果的基础上，结合现代科学、哲学与练功体会，提出了“混元理论”。这里的混元二字，从字义上讲，“混”是混化、混成之意，“元”就是一的意思。混元二字，又是一个特殊词汇，包含着众多的内容。混元理论包括：混元物质观、混元变化观、混元时空观三部分。
一、混元物质观
( 一 ) 宇宙中的任何物质都不是单一的，而是两种以上的物质要素混化而成的混元整体。
( 二 ) 宇宙中有两类物质的存在形式：一是无形无象的非实体性物质的存在形式，我们称此为混元气。它虽然无形无象，但它是由形、气、质混化而成的，在这里形、气呈隐伏状态，混然不可区分；另一是有形有象的实体性物质的存在形式，我们称此为实体。实体是由非实体的混元气凝聚而成的，有形有象的实体又可分散化为无形无象的混元气。在这个意义上，可以把无形无象的混元气看作狭义的混元气，是混元气的常例；把实体物质看作广义上的混元气，是混元气的特例。两者可以互相转化。宇宙就是这两类物质相互作用、转化、演化的混元整体。
( 三 ) 任何一个实体物，不仅在其内部，而且在其周围，都有该实体物的混元气。实体物是该物混元气的凝聚表现形式，实体物周围的混元气是其弥散的表现形式。实体物质的密度越大，体积越大，它外面的混元气的浓度也越大，延展范围也越广。实体物的构成、性能，的变化，可引起弥散在实体物周围的混元气的变化，反之亦然。任何实体物都是该物的实体存在与非实体存在的统一体，对此，我们称之为混元体。不同的混元体既可以互相作用，混化生成更高层次的混元体，也可以分化形成低层次混元体。对于混元体的整体特性，人的超常智能可以察知，而现代的科技手段对它束手无策。这是因为现代科学技术在认知事物的某一特性时，往往是以排斥其它特性为前提的，也就是说，不能同时认知事物的诸方面特性。当代科学只能揭示事物的物理、化学等方面的特性，而不能揭示以整体混元特性为主要形式的生命运动的特性，其因盖此。
( 四 ) 混元气与实体物都有不同层次。由于实体物是由混元气凝聚而成的，所以在宇宙中最基本、最原始的物质层次是混元气的原始层次，可称之为原始混元气。它是一种质地均匀、性能没有区别的特殊物质，充满整个宇宙，并贯穿于万物之中；它是不可分割的整体，可以演化生成不同层次的非实体物质－混元气，并进而凝聚成各种有形之物－实体。在混元气的凝聚过程中，它所包容的形、气、质整体特性被缩聚到一定“浓度”时，就形成了显现的形、气、质特有现象－实体物。与此同时，该混元气也连贯分布于该实体物之周围，从而形成了前述的混元体。现代科学已知的物质，从原子、分子到植物、动物、人，都是混元体的不同层次的表现。人脑的混元气称为意元体，是混元气的最高层次表现，它与原始混元气有很多相似之处，但两者有着层次的区别。人脑混元气不仅较原始混元气的成份复杂得多，而且有主观随意性，即主观能动性，可引发原始混元气的各种变化。
二、混元变化观
混元理论认为，任何物质都不停地运动变化着，其变化形式有二：
( 一 ) 实体物与非实体物的相互转化，此即古人说的“有无相生”，这一过程是混元气聚散达到特定临界的结果。在自然界的万事万物中，这一过程是遵从自然规律变化的。当人有了意识活动后，特定的意识活动也可完成这种聚散过程。练气功的任务之一，就是强化意识聚散混元气的能力。
( 二 ) 有形之物的变化虽然有从简单到复杂与从复杂到简单两种变化方式，但其过程都是在原始混元气的背景中进行的，每一事物都不断地进行着开、合、聚、散、出、入、化的运动，每一事物的变化都是与周围的混元体相互作用、混元的结果。
三、混元时空观
( 一 ) 混元时间观。常态智能认为时间是事物变化的连续性表现，每一事物的过去、现在、未来，都是该事物的无数个瞬间表现的集合，这与数学中的直线是点的集合很相似，这也许是人们说的“时间的一维特性”的根据吧。混元理论认为任何事物的瞬间表现都不是弧立的，更不是绝对的：
1 ．任何瞬间的事物，都积淀着已经过去的变化内容，这可以用红外线复相术比附说明之。例如，某人于某地某时的活动情况，在该人离开该地的一定时间内，可以用红外线复相术把当时的情况拍摄出来。这是某人已经过去了的变化在空间留下的迹象。同理，这些过去的变化迹象也可积留在实体物之内。
2 ．任何瞬间的事物，都蕴含着未来变化的萌芽，这可以用生物光照相术比附说明之。例如，树木的叶子未生长出来之前，已经可以用生物光照相法照出叶子的雏形来，这表明树木长叶的枝条中，蕴含了它的未来的变化的景象。
鉴于上述两点，混元理论认为，任何事物的瞬间所呈之相，都是过去、现在、未来的混元状态，所以用超常智能可以从具体事物中查知过去、未来的变化。
( 二 ) 混元空间观。混元理论认为，空间不是真空 ( 也不存在真空 ) ，是原始混元气的存在形式，它可以包容万事万物，也可以贯穿万事万物。万事万物的混元气，可以凭借原始混元气 ( 空间 ) 的传递作用而相互影响 ( 如混元变化观中所述 ) 。其结果，既可以使万事万物混元气呈现出互相包容，也可以使万事万物的混元气“贮存”在原始混元气中。由于原始混元气的匀态和无区别特性，使之呈现出超时空状态，因而使得包容在其中的各种混元气呈现出遍布状态，超常智能可以从某具体实物中查获到它包容的其它事物的属性，进而还可以从虚无中领悟到具体事物的属性，其根据即基于此。
这里所述的整体论是混元整体论的一部分，它与现代科学的整体论有不少相通的见解。混元整体论认为，整体是该事物所包含的各部分相互作用产生的，是在与外界的相互联系中显示出的完整的独立个体表现。它不是各部分相加的和，而是在此基础上的结构构成与功能的统一及其动态平衡。整体的特性贯穿于所包含的各个部分中，从而使部分体现整体的特性。
混元理论的物质观、变化观、时空观论述了它们的混化归一的特性。然而，经过混元而达到的“一”就是整体，所以混元论与整体论是不可分割的。如混元论的物质观与变化观所表述的就是事物的实体物质、非实体物质及其与周围环境的混化归一过程和状态，这本身就是完整的整体观。因为它直接关系着事物的整体特性及其各部分之间的相互关系。因而本节讲的整体观只是混元理论在整体特性方面的扩展，包括宇宙整体论、人天整体论、人体整体论。
一、宇宙整体论
混元论认为，宇宙是一个不断演化着的混元整体，它包含的所有星球天体以及星球上的万事万物，都是由原始混元气演化而来，经过长期演化，又复归于原始混元气。试简述之。
我们同意现代天文科学的主张：所有星球 ( 包括地球与我们的太阳系 ) 都有生灭过程，我们的繁华似锦的地球以及千变万化的太阳系，正在走向“消亡”的过程。当太阳中的氢燃烧殆尽时，将随着中心引力的增加产生坍塌，虽然会再度爆炸而形成体积庞大的红巨星，但终将回归缩小，形成密度极高、质量巨大而体积相对狭小的白矮星 ( 原子电离、电子形成简并电子云和原子核混合 ) 、中子星 ( 电子、质子消失，简并中子形成 ) 。
届时各星球的差异就不见了，走上了初步的统一万物的形、气、质高度集中到形体中。同时，形体周围弥散的混元气密度、广袤度也相应地增大。当宇宙的星体缩小到非常小时 ( 譬如说小到原子或更小的粒子 ) ，在它外面的混元气就扩展至非常大，当形、气、质向内集中就达到了形、气、质互相无以区分的临界线，剎那间，呈现出内外无别、均匀一致的混元态，这与协同学中所说的“临界无阻尼”现象很相似。尔后随即转入新的首序，而发生相变，这一局面相当天文科学所称的大爆炸，于是，又进入了宇宙学所描述的新的凝聚变化过程，从无形到有形，从简单到复杂，再历经天文物理学的诸过程，形成新的太阳系，行星逐步形成，进而演化出各星球的万事万物，以至于人类的出现。
二、人天整体论
人与天 ( 天指自然与社会环境 ) 的整体性是混元整体观的又一内容。
( 一 ) 人与自然是一整体
人类对于宇宙的根本认识是和人类对于自身的认识分不开的。因为，人是认识的主体。而就其实践意义来看，人对“自我”的认识比对宇宙本源的探索更为要紧。因为说到底，人生就是一个自觉或不自觉地维持 ( 保存 ) 自我、认识自我、完善自我的过程。然而人不是孤立的，人与天地、万物、大自然是一个统一整体。对此，可从常态智能与超常智能两条不同的认识途径叙述之。
1 ．常态智能状态下 ( 物理学时空框架里 ) 的人与自然的统一整体性。
人类是地球自然变化的最高阶段的产物，它虽然直接从高级动物进化而来，但在人类的生命体内淀积着地球从无机物→有机物→生物→低等动物→高等动物→人的演化规律及物质特性。这一演化长链每前进一步，都是大自然与之相互作用的结果，因而人体总是与天地万物互相连系、作用着的统一整体。对此，德国哲学家奥肯说：
“人是自然界发展的顶峰，因此必然地把一切囊括在自身之内，正如果子把果树以前的各个发展阶段包括在自身之内一样。一句话，人必然是代表整个宇宙的小象”。 ( 《自然科学史》斯蒂芬 ‧ F ‧ 梅森 )
恩格斯说：“我们连同我们的肉、血和头脑都是属于自然界，存在于自然界的。” ( 《自然辩证法》 ) 为了加深对人与自然是一完整统一体的认识，下面再从物质的不同层次说明之。
(1) 大自然的循环物质：大自然的无生机物质→植物合成各种营养物质→动物把它消耗掉排出废物→经微生物分解→回归自然界。人也是这个循环圈中的一个环节。
(2) 大自然的能量交换：地球的能源主要来源于太阳，人类直接或间接 ( 如通过化学能或生化能 ) 来吸收太阳能，尔后又通过人体各种活动把能量发放到自然界。
(3) 信息交换：这里所谓的信息与现代科学规范的信息的定义不完全相同。这里所说的信息的含义，是指事物的时空构成特性 ( 由基质、数量、形态三要素组成 ) 而言。每一事物都有自己的特殊信息，人在自然界中生活，无时不与自然界进行信息交换，它较上述的物质、能量的交换更加细微，不易被人们所查觉，但在人身体中却发生了作用。譬如有的人到某一地方会自然而然地感到有舒适、轻松、身心愉悦之感，这不一定都是负离子的作用