从前两章中可知，气功、气功学、气功科学是三个不同的概念，而且三者是依次发展的，一般来说，先有气功。凡是符合气功的定义和内涵，按一定方法进行的练功过程都可叫作气功。气功学则是气功已经上升到理论阶段的结果。由此可知：有了气功未必就有了气功学－在简单的一法一术阶段的气功是不能称作气功学的。气功科学较气功学又高了－个层次，因而一般的气功学不能称为气功科学、这表明：第二章中所说的“气功是气功科学的核心，“气功学是气功科学的基础”是有条件的，即三者必须在气功科学的层次保持一致。在这个意义上说，传统的气功、气功学必须进行彻底改革才能纳入气功科学的轨道。智能气功的功法、功理正是依此编创的，它有功法、功法理论、基础理论、应用技术理论－使智能气功不仅摆脱了一法一术的境地，具备了智能气功学的一切，而且进入了智能气功科学的层次。在这里，智能气功、智能气功学、智能气功科学是紧密关联的整体。试简要言之：
依功理、功法锻炼来强化常态智能，开发超常智能，称作智能气功；
对智能气功的有关理论与实施技术的系统研究与阐述，称作智能气功学；
用智能气功开发出的超常智能来认识、改造人体生命活动与大自然规律，称作智能气功科学。
这一切，都是在混元整体观理论指导下进行的。所以说，智能气功、智能气功学、智能气功科学是浑然一体的。